Cơ cấu tổ chức của Viện NCPTVN gồm:

1. Hội đồng khoa học.

2. Ban lãnh đạo Viện.

3. Chủ nhiệm các chương trình, đề tài nghiên cứu khoa học và dự án triển khai.

Hội đồng khoa học

1. Hội đồng khoa học của Viện là cơ quan tư vấn cho Ban lãnh đạo Viện về các vấn đề khoa học.

2. Hội đồng khoa học của Viện có các chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn:

+         Tham gia thảo luận về phương hướng hoạt động, các chủ đề cần nghiên cứu và triển khai của Viện.

+         Đề xuất người phụ trách chương trình, đề tài nghiên cứu khoa học và dự án triển khai.

+         Thẩm định, đánh giá kết quả thực hiện chương trình, đề tài nghiên cứu khoa học, dự án triển khai theo đề nghị của Ban lãnh đạo Viện.

Ban lãnh đạo Viện

Ban lãnh đạo Viện gồm Viện trưởng và các Phó viện trưởng.

1. Viện trưởng là người đứng đầu Ban lãnh đạo Viện.

+         Viện trưởng là nhà khoa học có uy tín được Chủ tịch Hội KHKT VN bổ nhiệm.

+         Viện trưởng là người điều hành cao nhất của Viện, và là người chịu trách nhiệm toàn diện về hoạt động của Viện trong việc tuân thủ các quy định của Luật khoa học và công nghệ, Luật báo chí, Luật xuất bản và các pháp luật có liên quan.

2. Viện trưởng có những trách nhiệm sau đây:

+         Quy định cụ thể chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức và hoạt động của các đơn vị thuộc Viện.

+         Đề xuất và tiến hành bổ nhiệm, miễn nhiệm các cấp trưởng, cấp phó các đơn vị trực thuộc Viện, các Chủ nhiệm chương trình, đề tài, dự án nghiên cứu và triển khai của Viện.

+         Quản lý, điều hành, chỉ đạo, đôn đốc việc thực hiện tốt chức năng, nhiệm vụ của Viện.

3. Giúp việc Viện trưởng là các Phó Viện trưởng, và Kế toán trưởng do Viện trưởng đề xuất và được Chủ tịch Hội KHKTVN ra quyết định bổ nhiệm.

Chủ nhiệm các chương trình, đề tài nghiên cứu khoa học và dự án triển khai

Hoạt động chính của Viện NCPTVN được thực hiện qua các chương trình, đề tài nghiên cứu khoa học và dự án triển khai do các Chủ nhiệm chủ trì thực hiện. Chủ nhiệm chương trình, đề tài, dự án do Ban lãnh đạo Viện cử.